生的何首乌通常有一定毒性，何首乌的毒性成分主要为蒽醌类物质，如大黄素、大黄酚、大黄酸等。机体摄入过多蒽醌类物质时会对肝造成损伤，也可能会刺激胃肠道导致腹泻、腹痛、肠鸣、恶心、呕吐等反应，更严重的也可能引起抽搐、躁动不安等神经系统症状。
如果要减少生何首乌中的蒽醌类物质，可采取去除何首乌的外皮、多次蒸煮并暴晒的方法。这些方法是何首乌传统炮制工艺中的部分步骤，确实可以降低其中的蒽醌类物质，可能与成分流失、紫外线催化、光下发酵等机制有关。
如果是市面上购买的何首乌，通常已经用现代工艺降低了相关的毒性成分，不滥用、多用的情况下通常不会引起不良反应。何首乌主要有补肝肾、益精血、强筋骨、乌须发等功效，建议使用时咨询专业中医的意见。